Wo fangen wir da an.. ist immer eine Geschmackssache:
Wenn du eine NEUE 09er nimmst, also aktuelles Modell - da soll das Fahrwerk angeblich schon nachgebessert sein. Bei den älteren Modellen ist das Fahrwerk nicht so besonders überragend (bis etwa 2015)
Wenn dir ein gut abgestimmtes Fahrwerk wichtig ist könntest du hier über eine Aufrüstung nachdenken (Gabel: andere Federn und Öl, Federbein: neu - z.b. Wilbers, das ist einigermaßen leistbar, oder auch Öhlins und andere ...).
Wie du mit der Größe zurechtkommst kann ich schwer einschätzen. Je besser du mit beiden Beinen zum Boden kommst und je fester dein Stand ist, desto leichter tust du dir beim rangieren (ein/ausparken etc.) Ggf. könntest du sie etwas tieferlegen. Muss man natürlich nicht, wenn du dich mit der Größe wohl fühlst ist alles gut. So hoch ist die MT ja eh nicht.
Über Sturzpads könnte man evtl nachdenken. Ich fahre zwar schon etwas länger aber dennoch würde ich auch heute noch Sturzpads anbauen. Es genügt einmal nicht aufzupassen und z.b. der Ständer klappt weg, weil sie etwas vorgerollt ist... oder sie steht nicht sehr schief und jemand stößt sie um etc.. da helfen Sturzpads den Schaden zu reduzieren. Klar sind auch kein Allheilmittel und sind auch immer wieder gerne diskutiert (könnten bei einem Rutscher verhaken etc..).
Für Touren empfiehlt sich ein Gepäcksystem. Ich persönlich habe Satteltaschen, die schnell oben und wieder unten sind, mit überschaubarem Volumen, allerdings dem Vorteil dass ich keine Träger oder ähnliches dafür fest montieren muss. Natürlich kanns bei soliderem Bedarf auch ein Koffersystem sein. Auch das natürlich stark von deiner persönlichen Präferenz abhängig.
Ansonsten ist für Touren eine USB-Ladedose (bei Ebay zur Selbstmontage so etwa ab 4,-- Euro erhältlich) zu empfehlen, an der du Navi oder Handy (als Navi) nutzen kannst.
Ich hab mein Handy mit einem Halter direkt am Lenker, funktioniert perfekt, auch bei direkter Sonneneinstrahlung und kann es perfekt als Navi verwenden.
Die Sitzbank ist bei längeren Touren .. naja.. sagen wir es gibt vermutlich bequemere. Ich habe die SR-Sitzbank nachgerüstet, die ist etwas höher (was bei der Sitzhöhe wiederum zu beachten wäre) aber auch nicht wesentlich bequemer. Man könnte sicherlich mit Silikoneinlagen in den Sitz eingearbeitet Verbesserung erreichen. Aber ich komme letztlich mit der SR Sitzbank auch bei längeren Touren (8-9 Stunden) zurecht. Man gewöhnt sich recht schnell...
Evtl. sind Spiegelverlängerungen noch intressant, das solltest du checken, wenn du deine 09er hast ob du das brauchst. Es gibt da im Forum einen User, der günstige und gute Verlängerungen anbietet, die nicht auffallen (weiss aber den Namen leider nicht).
Auch überlegen kannst du natürlich ein Kühlerschutzgitter - das macht funktionell Sinn und schützt den Kühler z.B. vor Steinchen & Co und kann zudem auch ein netter optischer Aspekt sein.
Ob dir der Auspuff/Sound passt oder du auch hier nachrüsten/ändern willst ist auch wieder persönliche Geschmackssache.
Ach ja - und evtl. ein Windschild könnte den Komfort erhöhen. ICh hab ein Ridea Windschild, dass aber mehr eine optische Verbesserung ist als tatsächlich eine Funktion in Bezug auf Fahrtwind zu erfüllen.
Gibt natürlich noch vieles was du individualisieren kannst, das wären aber zumindest so die wesentlichsten Dinge die mir dazu einfallen würden.
Achja - und bzgl. sinnvoll und Zubehör - an die gut passende Lederkombi mit ordentlichen Protektoren und einen vernünftigen Helm, Rückenprotektor, Motorradstiefel und Handschuhe denkst du ja sicher sowieso 
EDIT: Und was mir gerade wieder eingefallen ist - Thread dazu gibts - Unbedingt eine Teflonfolie beim Gasgriff einbauen, der hat im Standardzustand etwas zu viel Spiel, mit der Teflonfolie (Montagezeit ca. 5-10min.) hast du einen seidenweichen Gasgriff - perfekt.