So wirklich systematisch vorgehen magst wohl nicht?
Deine Aussage -> Kühlmittel am Motor und Auspuff, bedeutet zunächst => Leck- bzw. Austrittstelle suchen gehen!!!
Überlauf vermute ich mal, kann eigentlich nicht sein (solange wir beide darunter das Gleiche verstehen). Überlauf geht vom Ausgleichsbehälter via Schlauch unter den Motor. Ob das dann bis an den Motor hochspritzt oder vom Fahrtwind hochgedrückt wird? Dieser Überlauf müsste (sehr wahrscheinlich) auch druckgeregelt und Kühlflüssigkeit nur bei Überdruck ablaufen (schau Dir mal die Teileübersicht im Online-Ersatzteilkatalog (Kühler und Schläuche) von Yamaha für Deine Tracer an! Dann verstehtst Du mich vermutlich). Ob's da austritt lässt sich beim Warmlaufenlassen im Stand feststellen (müsste dann am Ende des Ablaufschlauches unter dem Motorrad austreten). Kühlmitteltemperatur und Einschalten des Kühlerventilators dabei zwingend beobachten!
Da meiner Vermutung nach der Verschlussdeckel des Ausgleichsbehälters druckgesteuert sein müsste (den solltest Du im Ersatzteilkatalog ausfindig machen können), könnte auch bereits ein Defekt hier einen ungewollten Kühlmittelaustritt nach sich ziehen.
Solltest Du mit Überlaufsstelle die Schlauchverbindung zwischen Kühler und Ausgleichsbehälter meinen (?), auch gut. Dann prüfe halt dort auf Dichtigkeit bzw. Kühlflüssigkeitsaustritt (Schlauchanschlüsse, Beschädigungen am Flansch, Risse im Schlauch etc.).
Der ganze Horror-Rest, von Defekt Zylinderkopfdichtung, Haarriß im Block, defekte Wasserpumpe usw., kannst Du abprüfen wenn Du sicher gestellt hast das das System dicht ist.
Findest Du eine undichte Stelle und beseitigst diese, hast Du evtl. das gesamte Problem schon in den Griff bekommen. Weitere Probleme würde ich nur dann erwarten, wenn Du mit viel zu wenig Kühlflüssigkeit zuvor mal unterwegs warst.
Deine Annahme, dass bei einer defekten Wasserpumpe der Kühlflüssigkeitsstand im Ausgleichsbehälter ansteigt und im Kühler abfällt, teile ich nicht. Die Pumpe ist lediglich zum fortlaufenden Umpumpen der Kühlflüssigkeit im Kühlkreislauf, nicht aber für irgendwelche Füllhöhen zuständig. Bei Motorstillstand und kaltem Motor hast Du im Ausgleichbehälter auch keinen höheren Füllstand! Eher bei betriebswarmen Motor, da sich die Kühlflüssigkeit etwas ausdehnt.
Defekt Wasserpumpe glaube ich, nach all Deinen geschilderten Details, eher nicht.
Also tut Dir selbst den Gefallen und gehe mal ergebnisorientiert vor.
Grüße vom "Moselstrand"