Wenn ich Deine Fahrbeschreibung des des neu programmierten oder "geflashten" ECU richtig verstehe, hast Du nun eine komplett andere Motorcharekteristik.
Die Stärke des MT Motors ist ein gleichmässiges Drehzahlband, welches quasi vom Standgas bis 10.000 Undrehungen linear verläuft. Manchen Fahrern kommt es dann so vor, dass es ab 7.000 Umdrehungen noch mal so richtig losgeht, dem ist aber nicht so, ist subjektiv und kommt von der Geräuchkulisse des Motors und dem "Kreischen".
Was Du nun hast, ist die klassische Charakteristik eines Vierzylinders, der erst ab höheren Drehzahlen richtig Leistung freigibt und unten herum eher müde wirkt.
Da von uns keiner weiss, welche Vorgaben Du dem Händler gemacht hast, wird Dir hier sicher keiner helfen können.
Yamaha Emondts ist ein vernünftiger Laden, bei dem ich bereits ein Bike gekauft habe. Ich gehe davon aus, dass er Dir die Konsequenz einer Softwareveränderung vorher mitgeteilt hat.
Erschwerend dürfte die Akra Anlage auch noch eine Rolle spielen. Bei vielen anderen Herstellern liefern Akrapovic eine spezielle Software, die beim Wechsel von der Original- auf die Zubehörauspuffanlage aufgespielt wird.
Nach meinem Wissen wird dies aber bei der MT09 nicht gemacht, mit dem Ergebnis, dass viele User von Leistungsverlust berichten, bei Betrieb der Zuebhöranlage ( gilt auch für andere Zuhörauspuffanlagen ).
Es müßte aber möglich sein, zu der Originalabstimmung zurückzukehren, ob die geflashte ECU noch hierzu zu gebrauchen ist, wird sicher der Tuner wissen.
Ich tue mich offen gestanden schwer den Sinn dieser Tuningmassnahme zu verstehen, da die MT09 bereits im Originalzustand ein Höllengerät ist, was man mit bedacht fahren sollte.