Welches BJ ist die gebrauchte?
Wieviele Vorbesitzer? Wenn nur 1 sollte das kein Problem sein. Wenn sie davor noch ein Vorführer war (also erst Händler, dann Vorbesitzer..) dann ist das ein zu überlegendes Thema (Wie steht man zu Vorführgeräten, die ohne Einlauf/Einfahrphase sofort ordentlich benutzt wurden).
Von der MT09 gibt es bzgl. Software der Einspritzung auch unterschiedliche Varianten. Zumindest 2 davon, evtl. sogar 3. Die ursprüngliche für die sehr frühen Modelle (2013-Anfang 2015 etwa) hatten noch eine oft als "ruppig" kritisierte Gasannahme, die sehr direkt war und ggf. bei konstantem Gas ein wenig ruckelte - das hat jeder etwas unterschiedlich wahrgenommen und es gab da auch Streuung..) Ab ca. 2015 kam dann ein Softwareupdate, das eine deutliche Verbesserung brachte und die kritisierten "Probleme" beseitigte.
Wenn sie also ein 2015er Modell ist stehen die Chancen gut, dass das schon passt. Aber ob die Gasannahme für dich OK ist kannst du auch bei einer Probefahrt rausfinden. Viele mögen auch die ursprüngliche Version, gerade weil sie so charaktervoll ist.
Ab dem 2015er Modell sollten eigentlich auch alle Kinderkrankheiten erledigt sein (Es gab bis 2014 eine Änderung des Kabelbaums (zum Licht hin zu kurz), eine kleine Serie in 2014 hatte Probleme mit der Schaltwelle im Getriebe und die ganz frühen Modelle (2013er glaub ich) hatten mal einen ABS Rückruf). Das war's aber eigentlich.
Wenn du ohnehin noch Garantie bis 2018 hast sollte das alles kein Thema sein.
Einzige Sache - egal welches Modell - es treten bei manchen Geräusche auf, die vom Steuerkettenspanner ausgelöst werden. In solchen Fällen wird auf Garantie getauscht, ist aber nicht dramatisch, kein großer Aufwand und auch kein Schadenrisiko.
Langzeittests - zumindest bis 50.000 km gibt es schon von Motorradmagazinen und auch von Usern hier - soweit ich informiert bin alles Problemfrei.
Insgesamt ist Yamaha in der Pannenstatistik/Reklamationen zudem auch Spitzenreiter, also insgesamt gute Qualität.
Von daher sollten mit der gebrauchten keine Nachteile zu erwarten sein, du hast die Vorteile
- günstigerer Preis
- Akra Auspuff
- Fahrwerk (welches? nur Federbein oder auch Gabel/Öl oder noch mehr umgebaut?)
- Fußrastenanlage
- 1000er Service
- 10.000er Service
schon erledigt.
Kettensatz sollte auch zumindest 25.000 km und tw. einiges mehr halten. Ist aber eh Verschleißteil. Einfach mal die Kette prüfen (Spannung und Dehnung - wie weit kannst du sie vom Ritzel abziehen).
Achja... deine XJ also geschrottet... SHIZE 
. zum Glück ist dir nix gröberes und nachhaltiges passiert.
Also Yamaha kennst du damit eh schon.
Setz dich mal drauf und fahr. OB eine MT09 ist dann eh keine Frage mehr, höchstens WELCHE.
)!