Punkt 1: es gibt elektrisch gesehen keine Reihenfolge. Es gibt allerdings von der Fehleranfälligkeit eine Reihenfolge, weswegen man IMMER zuerst Plus anklemmt. Komme ich beim anklemmen dabei an Metallteile des Mopeds entsteht KEIN Kurzschluss. Ist aber Minus schon auf dem Rahmen angeklemmt kommt es zum Kurzschluss.
Daher gehe ich davon aus, das dein Fehler eine andere Ursache hat. Du kannst natürlich weiterhin einen Fehler suchen der durch "falsche Anklemmreihenfolge" ausgelöst wurde. Ich würde lieber mal schauen ob du ROT auf PLUS geklemmt hattest oder vieleicht doch auf Minus. Und wenn Rot auf Plus war, dabei die Sicherung geflogen, liegt ein Fehler an einer völlig anderen Stelle vor der erstmal mit dem Anklemmen der Batterie nichts zu tun hat, sondern durch den Stromfluss erst aktiviert wurde und dabei was zerstört hat.
Hauptsicherung dürfte 25A gewesen sein, vieleicht sogar mehr, hab die Schaltpläne nicht im Kopf. Um 25A instant zu killen müsen 75A fliesen für mindestens 0,5sec. Wir haben einen Schmelzdraht, das heist er braucht ein wenig Zeit oder noch mehr Strom. Hast du hingegen einen Isolationsbruch und es fliesen nur 50A weil übergangswiderstände hast du ein Heizelement. 50A*12V=600Watt. Geh mal zum Herd mach die kleinste Platte an und schau wielange die braucht rot zu werden. Und nun stell dir einen dünnen Draht vor der diese Energie fressen muss. Da schmilzt dir im Kabelbaum was weg bis endlich genug Kurzschluss entstanden ist das die Sicherung fliegt. Den nur vom Batterieanklemmen fliegt keine Sicherung.
Wie gesagt, geh weg von deiner Reihenfolge und schau mal ob Kabelbaumumantelungen komisch aussehen oder Stecker brauch verfärbt sind etc. Oder Kabel eingequetscht, was hast du den vorher so alles rumgeschraubt nachdem du Batterie raus hattest bis du neue eingebaut hast? Ich hab auch schon geschafft Tankentlüftungsschlauch, immerhin aussen 10mm dick, einzuquetschen bei der Montage der Hinterradschwinge nach Kettentausch. Erst bemerkt als das Regenwasser am Tankstutzen nicht den Ablaufschlauch nutzen konnte und mir in den Tank geschwappt ist. Zum Glück ein altes Vergasermodell, das Wasser sinkt nach unten, der Benzinhahn mit Reserve lässt erstmal kein Wasser zum Vergaser. Zuhause dann leer machen und reinigen. Einspritzer darf man sowas nicht unbedingt zumuten.
PS: ich bin zwar kein Mopedmechaniker, sondern nur Entwickler von Steuerungen und Programmierung, aber elektrische Regeln gelten universel und als Hobby neben dem Fahren schraube ich auch gerne mit eigener kleinen Werkstatt etc.